Immár a német cégcsoport teljes jogú tagjaként a SEAT bemutatótermeiből eltűntek a konszern két meghatározó márkája, a Volkswagen és az Audi modelljei, s kezdetét vette a SEAT új termékpalettájának kialakítása. A Proto C, a Proto T és a Proto TL tanulmányok formájában számos autókiállítás közönsége lehetett tanúja az első teljes egészében új fejlesztésű, már Volkswagen-technikát felvonultató modell születésének. Az 1991-es Barcelonai Autószalonon végül Giugiaro formatervével bemutatkozhatott az új Toledo. A nehéz piaci helyzet ellenére a SEAT a márkák versenyében 10 százalékos eredménnyel az ötödik helyre jött fel, míg az Ibiza Spanyolország negyedik legnépszerűbb autójának bizonyult.
Az 1992-es Barcelonai Nyári Olimpiai Játékok a SEAT számára is egyedülálló lehetőséget jelentettek. A márka az esemény fő járműves beszállítójaként közel kétezer autót adott át a szervezőknek, csaknem kizárólag az új Toledo-sorozatból. A következő év elején az új martorelli üzem is megnyílt, mégpedig összesen hárommillió négyzetméter alapterületen 404 ezer négyzetméternyi létesítményt tömörítő, rendkívül korszerű gyárkomplexumként. A termelési volumen itt akár a napi 1500 járművet is elérhette, a beruházás összértéke pedig 244,5 milliárd pesetát tett ki.
Innen gördültek már ki az Ibiza-sorozat tagjai, minden piacra katalizátorral felszerelve, valamint a veterán Malaga utódjául megjelent új Cordoba.
Az új autókra kivetett adó öt százalékpontos (33-ról 28 százalékra) mérséklése sem bizonyult azonban elegendőnek a gazdasági válság enyhítésére, amellyel a vállalatnak is szembe kellett néznie. Tovább rontotta a helyzetet a peseta jelentős leértékelése. A vezetés végül 1993 októberében a Zona Franca gyár leállítása mellett döntött, ahol csupán néhány iroda és alkatrészgyártó présgép maradt működésben, a Toledo gyártása így szintén Martorellbe költözött. A SEAT emblematikus gyárának bezárása komoly félelmeket váltott ki a szakszervezetek részéről, s olyan tiltakozásokhoz vezetett, amelyek már a SEAT jövőjét veszélyeztették. A Volkswagen bejelentette, hajlandó a márka megmentésére további 130 milliárd pesetát beruházni, amennyiben a kormányzat is hasonlóan cselekszik. A közös projekthez a Katalán Generalitat nyolc, a központi kormányzat pedig 38 milliárd pesetával járult hozzá, míg a szakszervezeteknek a munkavállalói létszám 12.600 főre történő mérséklését kellett elfogadniuk.
1993. február 22-én János Károly spanyol király és Dr. Ferdinand Piëch, a Volkswagen Csoport új elnöke ünnepélyesen megnyitotta az új martorelli gyárkomplexumot.
Európa egyik legkorszerűbb autógyártó létesítménye zöldmezős beruházásként, mindössze 34 hónap alatt összesen hárommillió négyzetméteren épült fel. Első modellekként az új Ibiza és négyajtós változata, a Cordoba gördülhetett le az új szerelőszalagról.
Az Alhambra MPV 1995 bemutatkozása szintén egyértelműen jelezte, hogy a SEAT teljes gőzzel dolgozik modellpalettája megújításán. Az Alhambra két „ikertestvérével”, a Volkswagen Sharan illetve a Ford Galaxy modelljeivel együtt, a SEAT első Spanyolországon kívüli gyártmányaként készülhetett a portugáliai Palmela üzemében. 1996-ban a nagysikerű Ibiza két újabb változata mutatkozott be, s a kétajtós Cordoba SX valamint az Inca kishaszonjármű, majd a következő évben az Ibiza Cupra. Szemernyi kétséget sem hagyhatott a SEAT autósport iránti elkötelezettsége felől az Ibiza a Rally Világbajnokság (WRC) 2-literes kategóriájában 1996. és 1998. közötti, azaz három teljes éven át tartó sikersorozata. 1997-ben az Arosa, a SEAT miniautója, majd a Cordoba Vario kombi érkezett a kereskedőkhöz.
Már az 1996-os mérleg is 2,764 milliárdos pluszt mutatott, ám a következő évet még jobb eredménnyel zárhatták Martorellben, 11,051 milliárd nettó nyereséggel és az előző esztendőhöz képest 12,5 százalékkal több, összesen mintegy 467 ezer legyártott autóval.
Ugyancsak jelentősen emelkedett a termelékenység (53-ról 59 darab/fő/év értékre), a martorelli gyárból pedig az 1.100 darabos eredeti előrejelzésekkel szemben naponta átlagosan 2.046 autó gördült ki. 1998-ban, vagyis a második generációs Toledo bemutatkozásának és a kétmilliomodik Ibiza elkészültének évében, a SEAT sikerrel költöztette az eredetileg a Volkswagennél, Wolfsburgban készülő Arosa gyártását Martorellbe, illetve a Polo termelését az időközben ismét tulajdonába került Landabenbe. A Toledo II eredetileg Brüsszelben készült, amíg darabszámai nem tették lehetővé a martorelli gyártást. Korántsem meglepő, hogy ennyi modell gyártását összpontosíthatták ide, hisz a nagyjából 13.500 dolgozó által készített napi 2200 autó révén Martorell Európa egyik legjövedelmezőbb termelési helyszínévé lépett elő.
A SEAT ekkor az egész modellpalettája öt éves időszakra tervezett teljes megújítását jelentette be, amelyhez saját forrásokból nem kevesebb, mint 200 milliárd pesetát invesztált a kutatás-fejlesztés területébe. Mindezt az újabb rekordnyereség (24,462 milliárd peseta, 121,4 százalékos éves növekedés) tette lehetővé. A márka ennek szellemében a Formula tanulmány és a Toledo Cupra V6 formájában mindjárt két egyedi modellt is bemutatott az 1999-es Genfi Autószalonon.
Akárcsak új arculatához tartozó stilizált, vörös „S” emblémáját, amely egyértelműen képviselte a SEAT alapvető értékeit: szenvedély, sportosság, dinamika és technika.
A kétezres évek
A SEAT stílusvilágát immár a 21. századba vezető „dynamic line” téma a márka új vezető formatervezője Walter da Silva részéről is egyenes folytatásra lelt, a Salsa és a Tango prototípusok által meghatározott irányba fejlesztve tovább a SEAT design-irányvonalát. Mindezzel párhuzamosan a meglévő modellkínálat is alapvető megújuláson esett át. Több változatban jelent meg a Leon (150 LE TDI, Cupra, Cupra R és FR), felfrissült az Alhambra és az Arosa, bemutatkozott az Ibiza harmadik illetve a Cordoba második generációja, a SEAT Sport pedig az Ibiza Cupra R limitált példányszámú sorozatával jelent meg a piacon. Noha a Cordoba WRC a Német Rallyn aratott győzelmét követően a SEAT kiszállt ebből a sorozatból, a Supercopa Leon megszervezésével 2002-ben visszatért a spanyol versenypályákra. Több mint fél évszázadnyi saját tapasztalata birtokában, s az Audi és a Lamborghini márkákat is tömörítő csoport szerves tagjaként, a SEAT immár egyértelműen előrefelé tekintett.
Autóit az érdeklődők akár már az interneten (www.eSEAT.com) is megvásárolhatták, s a márka olyan új szlogent vezetett be, amely büszkén hirdette latinos, alapvetően mediterrán-stílusú személyiségét: „autoemocion”.
A SEAT ekkor ismét nagy energiával fordult a versenysport felé. Bár a vitrineket már eddig is az évtizedek során aratott rali- és pályagyőzelmek trófeáinak százai töltötték meg, a SEAT a sportban is új utakra lépett. 2003-ban a márka az Európai Túraautó-bajnokságba (European Touring Car Championship; ETCC) nevezte be Toledo Cupra modelljét. A 2004-es küzdelmeket követően a versenysorozat már világszinten (WTCC) folytatódott, s a SEAT a szezon felénél Toledo Cupra versenygépét a Leonnal váltotta fel. A kiváló kezdeti eredmények (2006-ban 3., 2007-ben 2. hely) után ismét bebizonyosodott, hogy evés közben jön meg az étvágy: a SEAT Leon TDI a teljes benzines mezőnyt maga mögött hagyva, 2008-ban és 2009-ben a pilóták és a konstruktőrök bajnokságában egyaránt bajnoki címmel ajándékozta meg a márkát.
Rendkívül fejlett dízeltechnikájával a SEAT olyat vitt véghez, amit sokak korábban egyenesen lehetetlennek tartottak: első ízben szerezte meg a bajnoki címet spanyol márka, az abszolút győzelmet pedig dízelmotoros versenygép a túraautó-világbajnokság történetében.
Mindennek eredményeképpen a SEAT modellpalettájának csaknem minden tagja Cupra R és FR változatokkal gazdagodott, beleértve az új Altea sorozatot is. Az Ibiza-család időközben átlépte a négymilliós darabszámot is, s a legfrissebb piaci trendeknek megfelelően újabb modellváltozatokkal bővült. Az új Ibiza SC SportCoupé számára választott különleges név, a „Bocanegra”, a SEAT közelmúltját idézi, a hetvenes évek sportos 1200/1430 Sport modelljének e népszerű beceneve mindenki számára jól ismert Spanyolországban. A 2008-as Párizsi Autószalonon bemutatott Exeo a SEAT felső-középkategóriabeli megjelenését jelenti. A SEAT sportos karakterű, kedvező árszintű, ám minőségi autógyártóként kialakított presztízse így az ezredforduló óta töretlenül bővülhet és erősödhet tovább.
